私がメインで使っている銀行は、三菱東京UFJ銀行です。以下の内容は、他の銀行では違う点もあると思います。
自分の銀行口座にお金を預ける場合、銀行の支店やATMコーナーにあるATMで、特定の時間内であれば手数料は掛かりません。
でも、近くに支店とかATMコーナーが無い場合、わざわざ移動するのが面倒なので、コンビニのATMで預ける事があると思います。しかし、コンビニATMでは、手数料が掛かってしまいます。データのやり取りをするので、システムの使用料的なものが掛かっているんだろうなぁとは思いますが、なんとなく腑に落ちない・・・。