OneNoteには、自動バックアップの機能がありますので、ファイルが壊れた、誤って削除したという場合、このバックアップから復元が可能です。別の手段でバックアップをしているので、自動バックアップの機能を無効にしたいという場合、「次の間隔でノートブックのバックアップを作成する」のチェックをオフにします。
デフォルトの設定では、C:\Users\[ログインユーザー]\AppData\Local\Microsoft\OneNoteフォルダにバックアップされます。起動ディスク(ドライブ)をSSDにしているので、Cドライブには余計なファイルを保存したくない場合、オプション設定を変更して、容量の大きなドライブへと変更が可能です。