Movable TypeのFAQでマルチドメインでサイトを公開したいという情報が公開されていますが、CGIPathやStaticWebPathを絶対パスで設定すると、コメントを投稿した時にエラーになってしまいます。
レンタルサーバーを利用していて、Apache等の設定ファイルを編集できない場合、マルチドメインで公開したい時には、CGIPathやStaticWebPathを相対パスで設定し、シンボリックリンクを設定するのが正しいようです。
シンボリックリンクは、下記のようなコマンドで設定します。
ln -s /home/www/mt /home/sub/mt/home/www/mtは、実際にファイルがある場所を指定します。なお、シンボリックリンクは、普通のファイルやディレクトリと同じように、rmコマンドで削除可能です。